Работа осуществляется по трем главным направлениям:
помощь тяжелобольным детям, социализация детей, попавших в трудную жизненную ситуацию, поддержка и развитие волонтерского движения.
Фонд "Под флагом Добра" первым в нашей стране стал помогать детям с редкими заболеваниями, от которых отказывается большинство фондов. Мы помогаем в лечении онкологических, гематологических, кардиологических заболеваний, ДЦП, психических расстройств и многих других тяжелых болезней. Список превышает 220 названий. Но все они требуют трудоемких, высокотехнологических исследований, сложного и дорогостоящего лечения, сроки проведения и объемы которого часто меняются.